Durant l'été 27 à Gensokyo la capitale de la Confédération, une brume écarlate est soudainement apparue, assez puissante pour bloquer le soleil, créant ainsi des endroits sombres et froids dans toute la région. Reimu la prêtresse du sanctuaire travaillant au sanctuaire Hakurei a été chargé par la BDE de mener l'enquête pour savoir ce qu'il se passe.